Anggapan bahwa yayasan pendidikan “bebas pajak” adalah miskonsepsi yang umum — dan berbahaya. Meskipun yayasan pendidikan memang mendapat perlakuan khusus untuk pajak penghasilan atas surplus operasional (sesuai UU PPh Pasal 4 ayat 3 dan PMK terkait), yayasan tetap memiliki berbagai kewajiban pajak lain yang wajib dipenuhi.

Beberapa kewajiban pajak ini sering terlewat karena pengelola yayasan fokus pada operasional pendidikan dan menganggap urusan pajak “tidak berlaku untuk yayasan”. Padahal denda dan sanksi bisa signifikan.

PPh Pasal 21: Pemotongan Gaji Pegawai

Setiap yayasan pendidikan yang menggaji dosen, karyawan, dan tenaga pendukung wajib memotong PPh 21 dari penghasilan pegawai yang memenuhi threshold PTKP. Yayasan bertindak sebagai pemotong dan menyetorkan pajak tersebut ke kas negara paling lambat tanggal 10 bulan berikutnya, serta melaporkan SPT Masa PPh 21 paling lambat tanggal 20. Ini kewajiban bulanan yang tidak boleh terlambat.

Untuk dosen honorer atau pekerja lepas, ketentuannya berbeda. Ada aturan tarif progresif dan pengurangan biaya jabatan yang harus diterapkan dengan benar. Kesalahan perhitungan bisa mengakibatkan kurang bayar yang berujung sanksi.

PPh Pasal 23: Pemotongan atas Jasa Pihak Ketiga

Ketika yayasan membayar jasa kepada pihak ketiga yang bukan pegawai — konsultan, tenaga IT lepas, jasa audit, jasa kebersihan — wajib memotong PPh 23 sebesar 2% dari nilai jasa (untuk WP yang memiliki NPWP; 4% kalau tidak ber-NPWP). Tarif ini berlaku untuk sebagian besar jenis jasa. Bukti potong wajib diterbitkan untuk penerima jasa.

PPh Pasal 4 Ayat 2: Sewa Bangunan dan Bunga Deposito

Yayasan yang menyewa gedung atau ruangan dari pihak lain wajib memotong PPh Final 10% dari nilai sewa. Sebaliknya, yayasan yang punya deposito di bank juga dipotong PPh Final 20% atas bunga deposito — ini biasanya sudah otomatis dipotong bank, tapi tetap perlu direkonsiliasi dan dilaporkan.

PPN: Penyerahan Barang atau Jasa Kena Pajak

Layanan pendidikan formal umumnya bukan objek PPN. Tapi kalau yayasan menjalankan usaha sampingan — kantin, toko buku, jasa konsultasi non-akademik — dan omzetnya melewati threshold PKP (Rp 4,8 miliar per tahun), yayasan wajib memungut, menyetor, dan melapor PPN. Banyak yayasan salah karena mengira semua aktivitasnya otomatis bebas PPN.

SPT Tahunan Yayasan

Meski surplus operasional dari kegiatan pendidikan bisa dibebaskan dari PPh Badan, yayasan tetap wajib menyampaikan SPT Tahunan Badan paling lambat 4 bulan setelah akhir tahun buku (biasanya 30 April untuk yang tahun bukunya kalender). SPT ini melaporkan seluruh pendapatan dan biaya, termasuk yang bebas pajak. Tanpa pelaporan, meski tidak ada pajak terutang, yayasan tetap kena sanksi administratif.

Bea Perolehan Hak atas Tanah dan Bangunan (BPHTB)

Ketika yayasan membeli tanah atau bangunan, wajib membayar BPHTB kecuali ada pembebasan khusus dari pemerintah daerah. Ini pajak daerah yang sering terlewat karena dianggap urusan legal, padahal berdampak signifikan ke arus kas investasi.

Rekomendasi Praktis

Untuk yayasan pendidikan yang belum memiliki tim pajak khusus, tiga langkah berikut membantu: (1) buat kalender pajak bulanan dengan reminder H-3 sebelum jatuh tempo; (2) simpan seluruh bukti potong dan pembayaran pajak minimal 10 tahun sesuai UU KUP; (3) konsultasikan dengan konsultan pajak yang paham karakteristik yayasan pendidikan minimal setahun sekali untuk review kepatuhan. Investasi kecil di sisi kepatuhan pajak menghindarkan dari denda yang jauh lebih besar.

Kelola keuangan yayasan pendidikan Anda lebih mudah dengan SIKUAT. Coba demo gratis dan lihat bagaimana SIKUAT membantu penyusunan laporan keuangan, workflow approval berjenjang, dan konsolidasi antar-unit berjalan lebih efisien.